
Phải công nhận môi trường kinh doanh ngày càng phức tạp, việc hiểu rõ và tuân thủ các quy định về thuế lại càng quan trọng hơn đối với mỗi doanh nghiệp. Tuy nhiên, không ít doanh nghiệp gặp phải tình trạng bị truy thu thuế do những sai sót trong quá trình kê khai hoặc quản lý tài chính.
Thấu hiểu được điều này, Taca cung cấp cho doanh nghiệp bạn cái nhìn tổng quan về truy thu thuế, những quy định pháp luật liên quan, và những biện pháp cụ thể giúp doanh nghiệp bạn phòng ngừa và giải quyết các vấn đề liên quan đến truy thu thuế thông qua bài viết dưới đây.
Câu chuyện 1: Trong 5 tháng đầu năm 2024, riêng việc truy thu thuế ở các sàn Thương mại điện tử tại Hà Nội đã đạt gần 10.000 tỷ.
Mấy nay đang rầm rộ trên các trang báo con số 10.000 tỷ đồng truy thu thuế của các doanh nghiệp, cá nhân. Theo đó, Cục Thuế Hà Nội đã tập trung thu thập, rà soát dữ liệu các doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân có phát sinh doanh thu từ hoạt động TMĐT.
Trên cơ sở kết quả chuẩn hóa mã số thuế cá nhân, đơn vị đã định danh thông tin được 418 doanh nghiệp sở hữu sàn TMĐT, 668 chủ thể kinh doanh sản phẩm, nội dung số, 54 doanh nghiệp cung cấp dịch vụ lưu trú, 366.857 cửa hàng tương ứng với 197.848 mã số thuế.
Kết quả là tổng số tiền thuế truy thu từ hoạt động TMĐT 5 tháng đầu năm 2024 trên địa bàn TP. Hà Nội đạt xấp xỉ 10.000 tỷ đồng.
Câu chuyện 2: Công ty nhựa bị truy thu thuế lên tới 8,6 tỉ đồng vì nộp muộn thuế.
Câu chuyện này bắt nguồn từ việc công ty nhựa này có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp và khai sai không dẫn đến thiếu số thuế GTGT phải nộp nhiều lần.
Do đó, công ty bị phạt hành chính hơn 1,3 tỷ đồng, trong đó khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp là 1,2 tỷ, còn lại 121 triệu là mức phạt cho hành vi khai sai không dẫn đến số thuế GTGT phải nộp (bị áp dụng tình tiết tăng nặng).
Đồng thời, công ty còn buộc phải nộp đủ số tiền thuế truy thu do kê khai sai là gần 6,1 tỷ đồng, bao gồm thuế TNDN 3 năm từ 2020-2022 cũng như tiền chậm nộp thuế gần 1,3 tỷ đồng.
Tổng cộng, tổng số tiền công ty này phải nộp về là gần 8,7 tỷ đồng.
Câu chuyện 3: Công ty chuyên kinh doanh về nhựa và nước sạch vì kê khai thuế sai nhiều lần cũng bị truy thu thuế và nộp phạt lên tới 11,99 tỉ đồng.
Con số 11,99 tỷ đồng chính là tổng số tiền bị truy thuế mà Tổng cục Thuế đã đưa ra đối với một doanh nghiệp kinh doanh mảng Nhựa và nước sạch.
Theo đó, Công ty này đã có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp và khai sai nhưng không dẫn đến thiếu số thuế GTGT phải nộp. Trong đó, tình tiết tăng nặng là vi phạm hành chính nhiều lần.
Mức phạt cho hành vi khai sai này là 1,38 tỷ đồng; phạt về hành vi khai sai nhưng không dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp và áp dụng tình tiết tăng nặng vi phạm nhiều lần là 85,15 triệu đồng.
Ngoài ra, công ty buộc nộp đủ số tiền thuế thiếu vào ngân sách là 6,91 tỷ đồng; tiền chậm nộp tiền thuế là 331,6 triệu đồng; giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau là 3,28 tỷ đồng.
Bản chất của thuế là loại quan hệ gắn với nhà nước và quan hệ giữa nhà nước với người nộp thuế. Vì vậy, các hành vi trốn, tránh, chậm nộp, nộp thiếu số tiền thuế phải nộp đều sẽ bị truy thu thuế.
Hiện nay, truy thu thuế có nhiều loại khác nhau. Tùy vào từng trường hợp mà sẽ có những quy định riêng về vấn đề truy thu hay xử lý chậm thuế. Cụ thể doanh nghiệp dễ bị truy thu các loại thuế như thuế GTGT, thuế TNDN và thuế TNCN.
Bạn biết đó, nói đến thuế GTGT là nói đến các giao dịch mua bán, liên quan từ hóa đơn đến chứng từ. Vì thế, nguyên nhân dẫn đến việc truy thu thuế GTGT cũng sẽ không tránh khỏi liên quan tới những hoạt động trên. Đối với hóa đơn, doanh nghiệp bạn nhận được quyết định truy thu khi quên không xuất hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ hoặc xuất sai thông tin hóa đơn. Chứng từ không hợp lệ để hạch toán chi phí thuế cũng sẽ khiến bạn bị truy thu. Ngoài ra, doanh nghiệp khai báo thiếu hoặc sai số về doanh thu, chi phí hoặc thuế GTGT đầu ra, đầu vào với cơ quan thuế cũng sẽ có nguy cơ bị truy thu thuế.
Còn thuế TNDN, quyết định truy thu thuế sẽ được ban hành nếu doanh nghiệp bạn ghi nhận doanh thu không đúng kỳ tính thuế, khoản khấu trừ thuế không hợp lệ, hạch toán thiếu doanh thu, ghi nhận sai chi phí dẫn đến thiếu thu nhập chịu thuế TNDN. Một số DN xác định chưa đúng mức thuế suất thuế TNDN được ưu đãi hoặc không đáp ứng đủ một trong các điều kiện ưu đãi thuế TNDN theo quy định nhưng vẫn áp dụng mức thuế ưu đãi. Rồi là xác định miễn giảm thuế TNDN không loại trừ các khoản thu nhập không thuộc diện được miễn giảm… Tất cả các sai phạm đều dẫn đến khai sai thiếu tiền thuế phải nộp trong kỳ, và tất sẽ bị truy thu tiền thuế nộp thiếu.
Thông thường, truy thu thuế TNCN sẽ liên quan đến nợ thuế từ năm trước có thể xảy ra do sự chậm trễ vô ý hoặc cố ý của người nộp thuế. Trường hợp kinh doanh phần mềm nhưng không đăng ký kinh doanh, không nộp thuế là một ví dụ điển hình.
>> Bạn đọc tìm hiểu các bài viết liên quan:
Ranh giới giữa quyết định truy thu thuế và tính chậm nộp thuế khá mong manh. Chính vì vậy, thay vì ngồi lại tính toán như nào để hưởng mức phạt nhẹ nhất, doanh nghiệp chú trọng hoàn thành nghĩa vụ thuế đúng quy định vẫn là cách tốt nhất và dễ thực hiện nhất.
Thông qua các câu chuyện trên, chắc hẳn bạn cũng đã hiểu được phần nào về truy thu thuế rồi.
Thuế bị truy thu (Back Taxes) đề cập tới những loại thuế chưa được thanh toán toàn bộ hoặc một phần trong năm khi chúng đáo hạn. Nói một cách đơn giản hơn, nếu doanh nghiệp bạn vẫn còn phần tiền thuế phải nộp chưa được trả hết trong năm hoặc các năm trước, cơ quan Thuế sẽ ra quyết định truy thu thuế số tiền chưa hoàn thành này.
Nhưng nó không đơn thuần là bạn thiếu bao nhiêu thì cơ quan Thuế “đòi nợ” bấy nhiêu, đã bị truy thu thuế tất sẽ có nhiều khoản phạt bạn phải nộp thêm. Đấy là lý do có nhiều trường hợp khi kinh doanh tiền lời mấy năm không bằng số tiền thuế truy thu và phạt.
Vậy nguyên nhân do đâu mà doanh nghiệp bị truy thu thuế?
Một doanh nghiệp có thể nợ thuế quá hạn vì nhiều lý do, chẳng hạn như khó khăn về tài chính, hiểu sai các quy định về thuế hoặc cố ý trốn thuế. Nhưng Thuế không có thời gian để nghe bạn kể tại sao chậm nộp thuế rồi thông cảm, họ chỉ căn cứ trên những gì bạn đã làm để đưa ra quyết định.
Nhìn chung, nếu doanh nghiệp bạn thuộc 1 trong những diện sau có thể sẽ nhận được quyết định truy thu thuế:
Bạn cũng cần lưu ý thêm, hành vi trốn thuế, tùy theo tính chất, mức độ và hậu quả vi phạm, có thể bị xử phạt vi phạm hành chính hoặc trầm trọng hơn là bị truy cứu trách nhiệm hình sự.
>> Tìm hiểu thêm:
Thử tưởng tượng nếu như một ngày đẹp trời, bạn đang nhâm nhi ly cà phê trong tay, nghe 1 bản nhạc yêu thích, đầu đang phiêu và tự nhẩm từng câu chữ trong bài hát thì nhận được công văn yêu cầu lên trụ sở đóng 1 mớ thuế thì cảm xúc của bạn lúc này như thế nào? Đứng hình, lo lắng, sợ hãi, bấn loạn, bồn chồn, đi tìm lời khuyên rồi tự bối rối với 100 câu hỏi vì sao, gì thế?
Dù là cảm xúc gì đi chăng nữa thì đều là cảm giác không mấy dễ chịu. Vì vậy, trước khi để tình huống này xảy ra, bạn cần tự đánh giá xem doanh nghiệp bạn đang có những dấu hiệu sẽ bị truy thuế sau đây hay không.
Dấu hiệu 1: Doanh nghiệp bạn có giao dịch liên kết
Giao dịch liên kết có thể khiến doanh nghiệp bạn bị truy thu thuế sao?
Đúng vậy, việc doanh nghiệp có các giao dịch liên kết là một trong những mối quan tâm hàng đầu của cơ quan Thuế. Các giao dịch liên kết này thường xảy ra giữa các đơn vị trong cùng một tập đoàn hoặc liên kết mật thiết với nhau, và thường có nguy cơ mắc phải các sai sót hoặc lạm dụng để giảm thuế.
Nhắc đến các giao dịch liên kết, Thuế sẽ chú ý đầu tiên tới chuyển giá, bởi trước đây có rất nhiều trường hợp doanh nghiệp có hành vi chuyển giá không hợp lý nhằm tránh nộp thuế hoặc giảm thiểu thuế phải nộp. Điều này sẽ được thể hiện rõ ràng qua các số liệu trong báo cáo tài chính.
Nếu bạn không thể giải trình thỏa đáng, cơ quan thuế sẽ nghi ngờ về tính chính xác và trung thực của thông tin được cung cấp, và đưa ra kết luận doanh nghiệp bạn đang trốn thuế, và tất nhiên sẽ ban hành quyết định truy thu thuế ngay.
>> Đọc thêm:
Dấu hiệu 2: Doanh nghiệp bạn kinh doanh trên nền tảng số chưa đăng ký khai thuế
Thời đại công nghệ bùng nổ cũng là lúc kinh doanh trên các nền tảng số trở thành xu hướng mới của các cá nhân, doanh nghiệp.
Tuy nhiên, chắc bạn cũng đã nghe nhiều doanh nghiệp kinh doanh trên sàn thương mại điện tử bị truy thu thuế. Nguyên nhân chính là do hầu hết các cá nhân, tổ chức này chưa tuân thủ đầy đủ các quy định về đăng ký và khai báo thuế.
Với mục đích đảm bảo công bằng trong môi trường kinh doanh, cơ quan Thuế hiện nay rất chú trọng đến việc thu thuế từ các hoạt động kinh doanh trên nền tảng số này. Điều này đồng nghĩa với việc, nếu phát hiện doanh nghiệp kinh doanh trực tuyến mà không đăng ký khai thuế, cơ quan thuế có thể tiến hành kiểm tra và truy thu các khoản thuế còn thiếu, đồng thời áp dụng các biện pháp xử phạt hành chính theo quy định pháp luật.
Dấu hiệu 3: Doanh nghiệp có đơn xin hoàn thuế bị từ chối
Nếu bạn gửi các đơn xin hoàn thuế và nhận được phản hồi từ cơ quan thuế về việc từ chối yêu cầu này, đây có thể là một dấu hiệu rằng thông tin đã được cung cấp cho cơ quan thuế không đúng hoặc không đầy đủ.
Trường hợp phát hiện thêm dấu hiệu bất thường, bao gồm thông tin không chính xác, thiếu chứng từ hợp lệ, hoặc vi phạm các quy định về thuế, cơ quan thuế có thể đẩy mạnh kiểm tra, giám sát kê khai thuế của bạn .
Điều đáng phải bàn ở đây là nếu các sai phạm được xác minh, doanh nghiệp có thể phải đối mặt với việc truy thu các khoản thuế chưa nộp, cùng với các khoản phạt và lãi suất do chậm nộp. Để tránh tình huống này, doanh nghiệp cần đảm bảo tính chính xác và minh bạch trong khai báo thuế, cũng như tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật về thuế.
>> Hiểu thêm: Quy trình kiểm tra thuế để tìm ra sai phạm của doanh nghiệp
Mọi sự liên quan đến thuế đều cần được hạch toán đầy đủ và chính xác, từ chậm nộp thuế đến truy thu thuế. Vì vậy, khi đã cố gắng mọi cách nhưng vẫn bị truy thu thuế, doanh nghiệp cũng cần chú ý hơn vào khâu hạch toán đầy đủ, tránh trường hợp lỗi này chưa xử lý xong thì lỗi khác xuất hiện.

Chúng ta sẽ xem ví dụ sau để hiểu rõ hơn về cách hạch toán.
Ví dụ: Doanh nghiệp B có quyết định truy thu thuế GTGT 50 triệu đồng do chưa khấu trừ hoặc hoàn trả từ lợi nhuận chưa phân phối năm 2020.
Doanh nghiệp sẽ phải hạch toán như sau:
Nợ TK 3331: 50 triệu đồng.
Có TK 111: 50 triệu đồng.
Hãy lưu ý thời điểm hạch toán truy thu thuế sau thanh tra là thời điểm doanh nghiệp nhận được kết luận thanh tra và quyết định xử phạt vi phạm hành chính của cơ quan Thuế.
Quay lại với câu hỏi, nên đợi truy thu thuế hay tự nguyện kê khai và nộp thuế? Chắc hẳn bạn đã tự có câu trả lời cho mình rồi. Chẳng ai lại thích “bị ép” nộp thuế hơn là tự giác khai báo, tính toán và nộp cả.
Tuy nhiên, điều này không thể đánh đồng với chuyện bạn được tự do kê khai và nộp thuế thì thích kê khai như nào thì kê khai. Việc kê khai và nộp thuế vốn là trách nhiệm của những ai đang và đã kinh doanh, vì vậy tính chính xác và đúng luật phải là yếu tố tiên quyết.
Bạn cố tình hay vô tình nộp thiếu số thuế phải nộp đồng nghĩa với việc bạn tự đưa doanh nghiệp của mình vào thế bị truy thu, không sớm thì muộn. Ngăn ngừa vấn đề xảy ra không khó, giải quyết vấn đề mới khó. Vì vậy, để tránh rơi vào tình huống truy thu thuế, doanh nghiệp bạn chỉ cần thực hiện những công việc đơn giản sau đây.
(1) Lưu giữ hồ sơ chính xác. Duy trì hồ sơ chi tiết về tất cả các giao dịch tài chính, bao gồm hồ sơ thu nhập, chi phí và khấu trừ sẽ giúp đảm bảo bạn cung cấp các tài liệu cần thiết kịp thời trong quá trình nộp thuế.
(2) Thường xuyên đối chiếu số liệu. Đối chiếu thường xuyên số liệu trên các tờ khai thuế với sổ sách kế toán để xác định sai phạm, từ đó kịp thời sửa lỗi có thể gây rủi ro cho doanh nghiệp trước mùa thuế.
(3) Nộp thuế đúng thời hạn. Nộp tất cả các tờ khai thuế bắt buộc một cách chính xác và đúng hạn để tránh bị phạt do nộp trễ. Yêu cầu gia hạn nếu cần và liên hệ với cơ quan thuế.
(4) Nắm rõ các quy định về thuế. Luôn cập nhật các luật và quy định thuế có liên quan để đảm bảo bạn đang tuân thủ đúng.
(5) Luôn theo dõi những thay đổi. Những thay đổi về cơ cấu doanh nghiệp có thể ảnh hưởng đến thuế, vì vậy bạn phải theo dõi mọi thay đổi về hoạt động kinh doanh, lực lượng lao động hoặc địa điểm của mình và điều chỉnh kế hoạch thuế cho phù hợp.
(6) Xem lại tờ khai thuế. Thường xuyên xem lại tờ khai thuế đã nộp trước đó để đảm bảo tính chính xác và kịp thời giải quyết bất kỳ lỗi nào được phát hiện bằng cách nộp tờ khai đã sửa đổi.
(7) Tìm kiếm dịch vụ tư vấn thuế chất lượng. Đây cũng là một trong những “tàng thư bí kíp” mà các doanh nghiệp hàng đầu thường sử dụng như một chiến lược quản trị chi phí thuế, nhất là trong bối cảnh kinh doanh ngày càng phức tạp và thay đổi liên tục của các quy định thuế. Một dịch vụ tư vấn thuế tốt không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa các lợi ích về thuế mà còn đảm bảo tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật, tránh các rủi ro, bao gồm cả truy thu thuế.
1. Thời gian truy thu thuế trong bao lâu?
Căn cứ Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ dung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 291/2026/NĐ-CP), thời hạn truy thu thuế được quy định như sau:
a) Quá thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì người nộp thuế không bị xử phạt nhưng vẫn phải nộp đủ tiền thuế truy thu (số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn quy định, tiền chậm nộp tiền thuế) vào ngân sách nhà nước trong thời hạn mười năm trở về trước, kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm. Trường hợp người nộp thuế không đăng ký thuế thì phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, tiền chậm nộp tiền thuế cho toàn bộ thời gian trở về trước, kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm.
b) Thời hạn truy thu thuế tại điểm a khoản này chỉ áp dụng đối với các khoản thuế theo pháp luật về thuế và khoản thu khác do tổ chức, cá nhân tự khai, tự nộp vào ngân sách nhà nước.
Đối với các khoản thu từ đất đai hoặc khoản thu khác do cơ quan có thẩm quyền xác định nghĩa vụ tài chính của tổ chức, cá nhân thì cơ quan có thẩm quyền xác định thời hạn truy thu theo quy định của pháp luật về đất đai và pháp luật có liên quan nhưng không ít hơn thời hạn truy thu theo quy định tại điểm a khoản này.
2. Có các mức xử phạt hành vi trốn thuế nào?
Theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ dung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 291/2026/NĐ-CP) quy định về xử phạt hành vi trốn thuế như sau:
3. Doanh nghiệp có thể khiếu nại quyết định truy thu thuế không?
Theo Luật Khiếu nại 2012 (sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 136/2025/QH15) và Luật Tố tụng hành chính 2015 (sửa đổi, bổ sung bởi Luật 2025 và Văn bản số 13/VBHN-VPQH ngày 06/02/2026):
Nếu cho rằng thông báo truy thu thuế sai, xâm phạm đến quyền và lợi ích hợp pháp, bạn có quyền khiếu nại thông báo này lên chi cục thuế hoặc khởi kiện ra Tòa án nhân dân có thẩm quyền để bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của mình.
Trường hợp người khiếu nại không đồng ý với quyết định giải quyết lần đầu hoặc quá thời hạn quy định mà khiếu nại không được giải quyết thì có quyền khiếu nại lần hai đến thủ trưởng cấp trên trực tiếp của người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần đầu hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại tòa án theo quy định của Luật Tố tụng hành chính.
Trường hợp người khiếu nại không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần hai hoặc hết thời hạn quy định mà khiếu nại không được giải quyết thì có quyền khởi kiện vụ án hành chính tại tòa án theo quy định của Luật Tố tụng hành chính.
4. Doanh nghiệp có thể yêu cầu hoàn lại thuế sau khi bị truy thu không?
Căn cứ Thông tư 89/2026/TT-BTC (có hiệu lực từ ngày 01/07/2026), khi nộp thừa thuế, người nộp thuế được hoàn thuế trong những trường hợp cụ thể như:
+ Nếu quá 06 tháng kể từ thời điểm phát sinh số tiền thuế nộp thừa mà không phát sinh khoản phải nộp tiếp theo.
+ Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi thực hiện bù trừ theo quy định trên mà vẫn còn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp.
Trên đây là toàn bộ những kiến thức đắt giá về truy thu thuế. Nhìn chung, đây là một mức phạt không một ai muốn mắc phải. DN trước hết cần chú trọng vào việc chuẩn bị tài liệu, sổ sách thật chính xác, đầy đủ, kịp thời, minh bạch; cần rà soát lại toàn bộ hồ sơ chứng từ kỹ lưỡng để đảm bảo không có sự sai sót nào. Hy vọng qua bài viết này, doanh nghiệp sẽ có những kiến thức, những kinh nghiệm riêng để bảo vệ tốt cho doanh nghiệp mình.
Tham khảo ngay Dịch vụ kế toán thuế, chiến lược quản trị tối ưu chi phí thuế tại Taca. Ngoài việc có thể giúp doanh nghiệp chuẩn bị tốt những kiến thức liên quan đến truy thu thuế, tại đây, Taca cung cấp toàn bộ các thủ tục từ phát hành hóa đơn, giao dịch hành chính thuế, biên tập hóa đơn chứng từ, kê khai báo cáo thuế, ghi nhận sổ sách kế toán thuế, lập báo cáo tài chính, lập báo cáo quyết toán thuế (gồm cả thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân), kiện toàn hoàn thiện hồ sơ chứng từ liên quan để bảo vệ số liệu về doanh thu, thu nhập và chi phí được trừ ghi nhận trong năm và cuối cùng là trách nhiệm giải trình số liệu kế toán thuế khi có quyết định thanh tra thuế.
=> Đọc thêm: THUÊ DỊCH VỤ KẾ TOÁN DOANH NGHIỆP CẦN LƯU Ý NHỨNG GÌ?
Tham khảo thêm các dịch vụ liên quan tại TACA
Taca Business Consulting!
Tầng 2, tòa A, Chelsea Residences, số 48 Trần Kim Xuyến, Phường Yên Hoà, TP Hà Nội.
Hotline: 0982 518 586
Support@taca.edu.vn
Tầng 18, Tòa nhà Vincom Center Đồng Khởi, 72 Lê Thánh Tôn, Phường Bến Nghé, Quận 1, HCM
Hotline: 0985 611 911