
Trong bối cảnh hoạt động xuất nhập khẩu và hợp tác quốc tế ngày càng mở rộng, các vấn đề về thuế GTGT đối với giao dịch xuyên biên giới đang trở thành “điểm nóng” khiến nhiều doanh nghiệp đau đầu. Không chỉ dừng lại ở hàng hóa nhập khẩu, mà ngay cả các khoản chi trả cho nhà thầu nước ngoài cũng kéo theo hàng loạt câu hỏi về nghĩa vụ thuế và quyền khấu trừ.
Với hàng nhập khẩu, nhiều doanh nghiệp vẫn lúng túng khi xác định liệu thuế GTGT nộp ở khâu nhập khẩu có được khấu trừ hay không — và nếu được, phải đáp ứng những điều kiện gì. Chỉ cần xử lý sai, doanh nghiệp có thể bị loại chi phí, mất quyền khấu trừ hoặc bị truy thu thuế khi cơ quan hải quan hoặc thuế kiểm tra.
Tương tự, trong các hợp đồng hợp tác với nhà thầu nước ngoài (tư vấn, thiết kế, phần mềm, xây dựng, kỹ thuật…), doanh nghiệp Việt Nam cũng phải nộp thuế nhà thầu (FCT – Foreign Contractor Tax), trong đó bao gồm thuế GTGT và thuế TNDN (hoặc thuế TNCN nếu là cá nhân). Và một lần nữa, câu hỏi quen thuộc lại được đặt ra: “Phần thuế GTGT trong thuế nhà thầu có được khấu trừ không?”
Câu trả lời không đơn giản — nó phụ thuộc vào phương pháp kê khai và nộp FCT, cũng như việc doanh nghiệp có đủ điều kiện để khấu trừ thuế GTGT đầu vào hay không.
Để hiểu rõ bản chất, tránh rủi ro bị loại chi phí, mất quyền khấu trừ và đảm bảo tối ưu nghĩa vụ thuế, hãy cùng TACA phân tích chi tiết bản chất của thuế nhà thầu, các phương pháp thực hiện và điều kiện khấu trừ thuế GTGT hợp lệ trong phần tiếp theo của bài viết.
Câu trả lời là: Có, nếu đáp ứng các điều kiện pháp lý nghiêm ngặt — nếu không sẽ bị loại khỏi khấu trừ.
Tra cứu Cơ sở pháp lý & nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào:
Xem thêm: Thuế xuất nhập khẩu (Import and export tax)
Theo quy định tại Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 26/2015/TT-BTC và Thông tư 173/2016/TT-BTC), để thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu được khấu trừ, doanh nghiệp phải đáp ứng đồng thời ba điều kiện cốt lõi sau:
Doanh nghiệp cần có:
Ví dụ minh họa:
Công ty A nhập khẩu linh kiện máy móc từ Nhật Bản trị giá 500 triệu đồng. Khi làm thủ tục, doanh nghiệp nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu 10% = 50 triệu đồng và nhận được biên lai nộp thuế do Kho bạc Nhà nước cấp. Khoản thuế này được ghi nhận là đầu vào được khấu trừ hợp pháp, nếu hồ sơ khai báo và chứng từ khớp nhau.
Ngược lại, nếu doanh nghiệp không có tờ khai hải quan chính thức (ví dụ: hàng nhập qua đơn vị thứ ba không xuất chứng từ đầy đủ), thì khoản thuế này sẽ không được khấu trừ, dù đã nộp.
Từ 01/7/2025, quy định về ngưỡng 20 triệu đồng chính thức bị bãi bỏ. Theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, tất cả các giao dịch hàng hóa, dịch vụ mua vào — bao gồm nhập khẩu — phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ thực tế:
Công ty B nhập một lô hàng thiết bị y tế trị giá 9 triệu đồng. Dù giá trị thấp, nếu doanh nghiệp thanh toán bằng tiền mặt, thì theo quy định mới, khoản thuế GTGT đầu vào sẽ không được khấu trừ.
Trong khi đó, nếu công ty chuyển khoản qua ngân hàng, có đầy đủ sao kê chứng minh giao dịch, thì khoản này được khấu trừ hợp lệ.
Khuyến nghị chiến lược: Các doanh nghiệp nhập khẩu nên chuẩn hóa quy trình thanh toán quốc tế, đảm bảo mọi khoản chi (dù nhỏ) đều có chứng từ điện tử rõ ràng — tránh bị loại khấu trừ khi quyết toán.
Thuế GTGT đầu vào chỉ được khấu trừ nếu hàng hóa được sử dụng trực tiếp cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa – dịch vụ chịu thuế GTGT.
Không được khấu trừ trong các trường hợp:
Ví dụ minh họa:
Công ty C nhập 10 bộ máy tính, trong đó 8 bộ dùng cho nhân viên kinh doanh (chịu thuế GTGT), 2 bộ lắp cho phòng phúc lợi nội bộ.
→ Chỉ phần thuế GTGT tương ứng 8 bộ máy tính được khấu trừ; phần 2 bộ dùng nội bộ phải loại trừ khi kê khai.
Trường hợp hàng nhập bị hư hỏng, mất mát, cháy nổ mà không được bảo hiểm bồi thường, doanh nghiệp vẫn có thể khấu trừ nếu có hồ sơ chứng minh rõ ràng (biên bản xác nhận tổn thất, biên bản kiểm kê, quyết định xử lý tài sản).
Các chứng từ phải thể hiện đủ các thông tin bắt buộc:
Ví dụ thực tế:
Một doanh nghiệp bị loại khấu trừ 200 triệu đồng thuế nhập khẩu chỉ vì hóa đơn từ nhà cung cấp nước ngoài ghi sai mã số thuế người mua, trong khi tờ khai hải quan ghi đúng.
Cơ quan thuế xác định đây là chứng từ không khớp thông tin, nên không đủ điều kiện khấu trừ.
Doanh nghiệp cần lưu trữ:
Ví dụ minh họa:
Khi cơ quan thuế kiểm tra, nếu phát hiện doanh nghiệp chuyển tiền qua tài khoản trung gian (không trùng tên với nhà cung cấp) hoặc không có bằng chứng về mục đích thanh toán, thì thuế GTGT đầu vào sẽ bị loại — dù hàng hóa đã nhập đủ và có tờ khai hợp lệ.
Xem thêm:
Trong thực tế, doanh nghiệp nhập khẩu hoặc hợp tác với đối tác nước ngoài thường phải kê khai và nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hoặc thuế nhà thầu (FCT). Việc được khấu trừ hay không phụ thuộc trực tiếp vào loại giao dịch, chứng từ và phương pháp thanh toán.
Doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng đồng thời các điều kiện được nêu chi tiết phía trên
Ví dụ:
Công ty A nhập khẩu thiết bị sản xuất trị giá 500 triệu đồng từ Nhật Bản, thanh toán qua chuyển khoản quốc tế. Hàng hóa được dùng cho dây chuyền sản xuất hàng tiêu dùng chịu thuế GTGT 10%. → Doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT nhập khẩu.
Có ba nhóm lỗi phổ biến khiến doanh nghiệp bị mất quyền khấu trừ:
(a) Hóa đơn, chứng từ không hợp pháp
Tờ khai hải quan bị thiếu thông tin, biên lai thuế nhập khẩu không hợp lệ, hoặc lập sai thời điểm → cơ quan thuế có thể loại khoản thuế đầu vào.
(b) Thanh toán không đúng quy định
Từ 01/7/2025, mọi giao dịch mua hàng nhập khẩu từ 5 triệu đồng trở lên nếu thanh toán tiền mặt sẽ không được khấu trừ thuế GTGT (theo Nghị định 181/2025).
→ Dù giá trị nhỏ hơn 20 triệu đồng, nếu doanh nghiệp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, cơ quan thuế vẫn có quyền loại trừ.
(c) Hàng hóa không phục vụ hoạt động kinh doanh chịu thuế
Nếu hàng nhập khẩu dùng cho:
→ thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ:
Công ty B nhập 50 bộ quà biếu khách hàng từ Hàn Quốc, thanh toán tiền mặt. → Khoản thuế GTGT khâu nhập khẩu này không được khấu trừ do không đáp ứng điều kiện thanh toán và mục đích sử dụng.
Xem thêm:
Doanh nghiệp hợp tác với nhà thầu nước ngoài (không có pháp nhân tại Việt Nam) thường phải nộp thay thuế nhà thầu, bao gồm: Thuế GTGT (VAT); Thuế TNDN hoặc TNCN
Có 2 phương pháp chính, quyết định việc hàng nhập khẩu có được khấu trừ thuế GTGT hay không:
Nhà thầu đăng ký mã số thuế tại Việt Nam và phát hành hóa đơn GTGT hợp pháp, ghi rõ thuế suất và thuế GTGT.
→ Doanh nghiệp Việt Nam được khấu trừ thuế GTGT đầu vào (theo Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024).
Ví dụ:
Công ty C thuê PwC Việt Nam (có pháp nhân trong nước) cung cấp dịch vụ kiểm toán, có hóa đơn GTGT 10%. → Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ bình thường.
Nhà thầu không đăng ký thuế tại Việt Nam → doanh nghiệp Việt Nam nộp thuế thay theo tỷ lệ trực tiếp trên doanh thu.
→ Phần thuế GTGT nộp thay không được khấu trừ, chỉ được hạch toán là chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN.
Ví dụ:
Công ty D thuê dịch vụ quảng cáo của công ty (không có pháp nhân tại Việt Nam). → Phần thuế GTGT nộp thay không được khấu trừ, mà được tính vào chi phí hợp lý cho thuế TNDN.
Xem thêm:
Theo khoản 19 Điều 5 Luật Thuế GTGT, các trường hợp sau không thuộc diện khấu trừ:
Dưới đây là quy trình khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu mà doanh nghiệp cần nắm rõ:
Theo Điểm b Khoản 1 Điều 7 Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi 2013), giá tính thuế GTGT của hàng nhập khẩu được xác định theo công thức:
Giá tính thuế GTGT – giá nhập tại cửa khẩu + thuế nhập khẩu (nếu có) + thuế BVTM (nếu có
Trong đó:
Tổng số thuế GTGT phải nộp được tính bằng:
Thuế GTGT hàng nhập khẩu – giá tính thuế GTGT x Thuế suất GTGT
Doanh nghiệp phải nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu ngay tại thời điểm thông quan theo tờ khai hải quan.
Căn cứ chứng từ hợp lệ bao gồm:
Các chứng từ này sẽ là cơ sở pháp lý để khấu trừ thuế đầu vào trong kỳ kê khai thuế GTGT.
Kế toán thực hiện kê khai trên phần mềm HTKK hoặc cổng thuế điện tử, theo tờ khai 01/GTGT.
Lưu ý:
Theo Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động chịu thuế.
Doanh nghiệp cần lưu trữ hồ sơ khấu trừ đầy đủ tối thiểu 10 năm, bao gồm:
Cơ quan thuế và hải quan có thể đối chiếu dữ liệu khấu trừ với tờ khai nhập khẩu bất kỳ lúc nào. Nếu phát hiện kê khai sai hoặc chứng từ không hợp lệ, khoản thuế khấu trừ sẽ bị loại, đồng thời doanh nghiệp có thể bị truy thu và xử phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
>>> Khuyến nghị chuyên sâu: Tối ưu quy trình khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu
Thực tế cho thấy, không ít doanh nghiệp nhập khẩu bị loại khấu trừ thuế GTGT dù hồ sơ nhập khẩu hoàn toàn hợp pháp. Vấn đề không nằm ở quy định, mà ở cách doanh nghiệp vận hành quy trình và kiểm soát chứng từ. Những lỗi tưởng chừng nhỏ — như chậm nộp chứng từ thanh toán quốc tế, sai lệch giữa giá tính thuế và tờ khai hải quan, hay sự rời rạc giữa kế toán nội bộ và bộ phận khai báo hải quan — đều có thể khiến doanh nghiệp mất quyền khấu trừ hàng trăm triệu đến hàng tỷ đồng.
Để khấu trừ hiệu quả, doanh nghiệp cần nhìn việc kê khai thuế GTGT nhập khẩu không chỉ là thủ tục, mà là một quy trình tài chính mang tính kiểm soát rủi ro. Cụ thể:
Một số doanh nghiệp tiên tiến hiện nay còn áp dụng quy trình kiểm soát 3 lớp – giữa bộ phận kế toán, hải quan và tư vấn thuế – giúp đảm bảo toàn bộ dữ liệu nhập khẩu, hóa đơn quốc tế và chứng từ thanh toán được đối chiếu khớp tuyệt đối. Cách làm này không chỉ giúp khấu trừ hợp pháp mà còn giải phóng dòng tiền thuế GTGT nhanh hơn, tránh đọng vốn và tăng hiệu quả tài chính.
Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp khó khăn trong việc khấu trừ thuế GTGT nhập khẩu hoặc thường xuyên bị loại trừ khi quyết toán, TACA chính là đối tác bạn cần.
Với kinh nghiệm tư vấn doanh nghiệp xuất nhập khẩu, TACA giúp doanh nghiệp của bạn:
TACA – Đối tác đồng hành trong quản trị và tuân thủ thuế, mang đến cho doanh nghiệp giải pháp khấu trừ GTGT hàng nhập khẩu chuẩn xác, an toàn và bền vững.
=> Đọc thêm: THUÊ DỊCH VỤ KẾ TOÁN DOANH NGHIỆP CẦN LƯU Ý NHỮNG GÌ?
Tham khảo thêm các dịch vụ liên quan tại TACA
Tại Điều 3, Luật Thuế Giá trị gia tăng năm 2008 và Thông tư 219/2013/TT-BTC có hướng dẫn về đối tượng chịu thuế GTGT, đó là hàng hóa, dịch vụ được sử dụng trong toàn bộ quá trình sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam, trừ các đối tượng được miễn thuế.
Như vậy, thuế GTGT hàng nhập khẩu là số thuế mà doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa phải trả. Giá tính thuế bao gồm cả thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường.
Thuế GTGT hàng nhập khẩu được coi là thuế GTGT đầu vào khi doanh nghiệp thực hiện mua sắm hàng hóa, tài sản.
Tuy nhiên do đây là loại thuế được hình thành trong khâu nhập khẩu nên giá trị thuế được thể hiện trên tờ khai hải quan, giấy nộp tiền thuế của doanh nghiệp thay vì trên hóa đơn đầu vào.
Taca Business Consulting,
Tầng 2, tòa A, Chelsea Residences, số 48 Trần Kim Xuyến, Phường Yên Hoà, TP Hà Nội.
Hotline: 0982 518 586
Support@taca.edu.vn
Tầng 18, Tòa nhà Vincom Center Đồng Khởi, 72 Lê Thánh Tôn, Phường Bến Nghé, Quận 1, HCM
Hotline: 0985 611 911