Hoàn thuế GTGT dự án đầu tư: 6 điều quan trọng doanh nghiệp phải nắm rõ

Các điều kiện hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Để cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư, doanh nghiệp phải tuân thủ nghiêm ngặt một số điều kiện hoàn theo khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP như sau:

Điều kiện 1: Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới.

Điều này được áp dụng cho cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư. Dự án đầu tư mới cũng bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư.

Dự án có thể đặt tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính và đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư. Tuy nhiên, nó sẽ ngoại trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hay dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định.

Cơ sở kinh doanh phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa và dịch vụ phát sinh chưa được khấu trừ hết và lũy kế đạt từ 300 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh sẽ được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư.

>> Tìm hiểu chi tiết: Điều kiện hoàn thuế GTGT theo quy định

Điều kiện 2: Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thuộc các trường hợp sau thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản này:

Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

Dự án đầu tư không thuộc diện cần có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

Nói tóm lại, cơ sở kinh doanh sẽ được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư khi đáp ứng đủ các điều kiện:

Thứ nhất, cơ sở sản xuất kinh doanh đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.

Thứ hai, cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư mới và đang trong giai đoạn đầu tư.

Dự án đầu tư mới có thể được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính đang trong giai đoạn đầu tư.

Thứ ba, dự án đầu tư phải có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

>> Tổng hợp toàn bộ kiến thức về hoàn thuế GTGT tại: Hoàn thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp

Các trường hợp hoàn thuế GTGT dự án đầu tư theo thông tư mới nhất

Việc hiểu rõ các trường hợp hoàn thuế GTGT dự án đầu tư là điều cần thiết cho doanh nghiệp. Các quy định trong thông tư mới nhất không chỉ tạo điều kiện thuận lợi cho các dự án đầu tư mà còn giúp doanh nghiệp tối ưu hóa nguồn lực tài chính của mình. Chi tiết các trường hợp cụ thể mà doanh nghiệp có thể được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư như sau:

Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư ở cùng tỉnh thành 

Trước hết, doanh nghiệp cần xem xét mình đã đáp ứng đủ các điều kiện hoàn thuế GTGT dự án đầu tư sau chưa:

(1) Tình trạng hoạt động: Cơ sở kinh doanh phải đang hoạt động hợp pháp, có giấy phép kinh doanh đầy đủ.

(2) Đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: Doanh nghiệp phải thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, tức là doanh nghiệp có quyền khấu trừ thuế đầu vào để giảm số thuế phải nộp.

(3) Dự án đầu tư: Cơ sở kinh doanh phải có một dự án đầu tư đang trong giai đoạn thực hiện. Lưu ý rằng không bao gồm các trường hợp đặc biệt cũng như các dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định.

(4) Địa điểm dự án đầu tư: Dự án đầu tư phải nằm ở cùng tỉnh, thành phố với cơ sở chính của doanh nghiệp và đang trong giai đoạn đầu tư.

> Khi cơ sở kinh doanh đáp ứng đầy đủ các điều kiện nêu trên, quy trình xử lý thuế GTGT được thực hiện qua các bước như sau:

Kê khai riêng thuế GTGT đối với dự án đầu tư: Cơ sở kinh doanh cần thực hiện việc kê khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư. Điều này giúp phân biệt rõ ràng giữa số thuế GTGT liên quan đến dự án và các hoạt động kinh doanh khác.

Kết chuyển thuế GTGT đầu vào: Sau khi kê khai, cơ sở kinh doanh cần kết chuyển số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với số thuế GTGT phải nộp từ hoạt động sản xuất kinh doanh hiện tại.

Lưu ý thêm, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ, tùy thuộc vào số thuế đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết, chúng ta sẽ có 2 cách xử lý như sau:

Trường hợp		Xử lý thuế
Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết ≥ 300 triệu đồng	→	Được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư
Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết < 300 triệu đồng	→	Kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo

Để hiểu rõ hơn, chúng ta cùng tìm hiểu ví dụ sau.

Công ty A có trụ sở chính tại Nghệ An. Tháng 7/2023, Công ty có dự án đầu tư tại Nghệ An, số vốn đầu tư là 500 triệu đồng và đang trong giai đoạn đầu tư. Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2023, thông tin về GTGT của công ty A theo từng tình huống và xử lý thuế tương ứng như sau:

Tình huống 1, khi số thuế phải nộp/chưa được khấu trừ là 200 triệu đồng. Sau khi thực hiện bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp

→ Số thuế GTGT đầu vào của dự án chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Điều này đồng nghĩa với việc, doanh nghiệp chắc chắn được xét hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Tình huống 2, khi số thuế phải nộp/chưa được khấu trừ là 300 triệu đồng. Sau khi thực hiện bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp

→ Số thuế GTGT đầu vào của dự án chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Điều này đồng nghĩa với việc, doanh nghiệp không được xét hoàn thuế GTGT dự án đầu tư mà phải kết chuyển 200 triệu này vào số thuế GTGT đầu vào dự án vào kỳ kê khai tháng 9/2023.

>> Xem đầy đủ trường hợp hoàn thuế GTGT tại: Tổng hợp các trường hợp hoàn thuế GTGT

Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư khác tỉnh thành 

Tương tự như cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư tại cùng tỉnh thành, các cơ sở có dự án đầu tư ở tỉnh thành khác cũng cần xem xét các điều kiện nhất định để được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư Dưới đây là các đặc điểm cần được xác định:

(1) Tình trạng hoạt động

Cơ sở kinh doanh phải đang hoạt động hợp pháp và có giấy phép kinh doanh còn hiệu lực. Điều này đảm bảo rằng doanh nghiệp đang duy trì hoạt động sản xuất kinh doanh và có khả năng thực hiện nghĩa vụ thuế.

(2) Đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ

CSKD cần thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Phương pháp này cho phép doanh nghiệp khấu trừ số thuế GTGT đầu vào từ số thuế phải nộp, tạo điều kiện cho doanh nghiệp tối ưu hóa lợi ích thuế.

(3) Có dự án đầu tư mới

Cơ sở kinh doanh phải có một dự án đầu tư mới, ngoại trừ một số trường hợp đặc biệt và các dự án xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định. Điều này nhằm đảm bảo rằng chỉ các dự án đầu tư mới và có tính chất phát triển sẽ được xét hoàn thuế GTGT dự án đầu tư.

(4) Địa điểm dự án đầu tư

Dự án đầu tư cần phải nằm ở địa bàn tỉnh hoặc thành phố trực thuộc Trung ương khác so với nơi đóng trụ sở chính của cơ sở kinh doanh.

(5) Giai đoạn đầu tư

Dự án đầu tư phải đang trong giai đoạn thực hiện và chưa đi vào hoạt động chính thức. Điều này có nghĩa là dự án chưa được đăng ký kinh doanh và chưa đăng ký thuế. Giai đoạn này cho thấy rằng cơ sở kinh doanh vẫn đang đầu tư vào dự án mà chưa thu được lợi nhuận, từ đó có thể dẫn đến việc phát sinh số thuế GTGT đầu vào mà doanh nghiệp có thể yêu cầu hoàn thuế GTGT dự án đầu tư.

>> Quan tâm thêm hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu tại: Hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu: Những quy định mới doanh nghiệp phải biết

> Khi cơ sở kinh doanh đáp ứng đầy đủ các điều kiện nêu trên, quy trình xử lý thuế GTGT được thực hiện qua các bước như sau:

Kê khai riêng thuế GTGT đối với dự án đầu tư: Cơ sở kinh doanh cần thực hiện việc kê khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư. Điều này giúp phân biệt rõ ràng giữa số thuế GTGT liên quan đến dự án và các hoạt động kinh doanh khác.

Kết chuyển thuế GTGT đầu vào: Sau khi kê khai, cơ sở kinh doanh cần kết chuyển số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với số thuế GTGT phải nộp từ hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện

Sau khi bù trừ, tùy thuộc vào số thuế đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết, chúng ta cũng sẽ có 2 cách xử lý như sau:

Trường hợp		Xử lý thuế
Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết ≥ 300 triệu đồng	→	Được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư
Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết < 300 triệu đồng	→	Kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo

Lưu ý các trường hợp không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Khi xem xét hoàn thuế GTGT dự án đầu tư, bạn cần chú ý đến một số trường hợp mà bạn sẽ không đủ điều kiện hoàn thuế GTGT. Trong các trường hợp này, doanh nghiệp sẽ không được hoàn thuế mà phải kết chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định pháp luật sang kỳ tiếp theo. Cụ thể như sau:

Th1: Dự án đầu tư không góp đủ số vốn điều lệ

Nếu doanh nghiệp không thực hiện góp đủ số vốn điều lệ theo như đã đăng ký theo quy định của pháp luật, các hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT dự án đầu tư sẽ không được duyệt. Tức là tính đến thời điểm nộp hồ sơ, nếu bạn chưa hoàn thành việc góp vốn thì sẽ không đủ điều kiện để được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư.

Th2: Dự án đầu tư của ngành, nghề có điều kiện

Đối với các dự án đầu tư trong lĩnh vực ngành nghề kinh doanh có điều kiện, nếu doanh nghiệp chưa đáp ứng đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư, họ sẽ không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư. Điều này bao gồm các trường hợp như chưa được cấp giấy phép kinh doanh, chưa có giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh hoặc không có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép thực hiện đầu tư trong ngành nghề đó.

Th3: Duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động:

Nếu dự án đầu tư thuộc ngành nghề có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động, cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh hoặc không đáp ứng được các điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện, họ sẽ không đủ điều kiện hoàn thuế GTGT dự án đầu tư.

Thời điểm không được hoàn thuế sẽ được xác định từ thời điểm bị thu hồi giấy tờ hoặc từ thời điểm kiểm tra phát hiện không đáp ứng đủ điều kiện.

Th4: Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản:

Đối với các dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016, hoặc những dự án sản xuất hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên, cơ sở kinh doanh cũng không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư.

Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Căn cứ theo Thông tư 80/2021/TT-BTC đư ra quy định hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư cần có 7 loại giấy tờ sau:

Thứ nhất, Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT.

Thứ 2, Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

Thứ 3, đối với dự án có công trình xây dựng thì doanh nghiệp cần chuẩn bị thêm Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền; giấy phép xây dựng.

>> Chi tiết hơn tại: Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư năm 2024 cần những tài liệu gì?

Thứ 4, Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ.

Thứ 5, Bản sao Giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ.

Thứ 6, Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế.

>> Các bài viết hữu ích khác:

• Cách kiểm tra hóa đơn: Đảm bảo tính hợp pháp và an toàn tài chính cho doanh nghiệp
• Kiểm tra chứng từ kế toán: 5 dấu hiệu khiến cơ quan Thuế kiểm tra và cách kiểm tra đúng để tránh sai phạm
  

Thứ 7, Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư, Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án đầu tư (nếu chi nhánh, Ban quản lý dự án thực hiện hoàn thuế).

Quy trình hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Cũng giống như quy trình hoàn thuế GTGT thông thường, quy trình hoàn thuế GTGT dự án đầu tư cũng trải qua các bước sau đây:

Bước 1: Doanh nghiệp cần chuẩn bị bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT dự án đầu tư. Bộ hồ sơ này cần đầy đủ và tuân thủ các yêu cầu được quy định bởi cơ quan thuế.

Bước 2: Sau khi chuẩn bị xong, doanh nghiệp tiến hành gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư đến cơ quan thuế qua một trong ba phương thức sau:

(1) Nộp trực tiếp tại cơ quan thuế: Cán bộ thuế sẽ tiếp nhận, đóng dấu xác nhận và ghi rõ thời gian cũng như số lượng tài liệu.

(2) Gửi qua đường bưu chính: Cán bộ thuế sẽ đóng dấu ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư.

(3) Nộp điện tử thông qua cổng giao dịch của cơ quan thuế: Hệ thống điện tử sẽ tiếp nhận, kiểm tra và chấp nhận hồ sơ trực tuyến.

Bước 3: Cơ quan thuế tiếp nhận và phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư theo quy định.

Trong vòng 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, cơ quan thuế sẽ thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư thuộc trường hợp:

(1) Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư được chấp nhận: Thông báo thời hạn giải quyết hoàn thuế.

(2) Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư cần bổ sung: Yêu cầu giải trình hoặc bổ sung thông tin qua văn bản, thời gian này không tính vào thời hạn giải quyết hồ sơ.

Bước 4: Cơ quan thuế sẽ giải quyết hồ sơ và xem xét quyết định hoàn thuế GTGT dự án đầu tư theo quy định.

Bước 5: Cơ quan thuế sẽ ban hành Quyết định hoàn thuế, Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ, hoặc thực hiện thanh toán qua ngân hàng làm đại lý hoàn thuế.

Bước 6: Doanh nghiệp nhận kết quả hoàn thuế GTGT dự án đầu tư.

Nếu hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư của doanh nghiệp bạn thuộc diện được hoàn thì thời gian nhận tiền sẽ như sau:

• Tối đa 06 ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước.
• Tối đa 40 ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế.

>> Tham khảo bài: Thời gian hoàn thuế – Cách tối ưu thời gian hoàn và những quy định DN cần nắm rõ

Hoàn thuế GTGT dự án đầu tư không chỉ là một chiến lược tài chính quan trọng mà còn là một yếu tố cần thiết để đảm bảo sự phát triển bền vững của doanh nghiệp trong môi trường kinh doanh ngày càng cạnh tranh hiện nay. Hy vọng với những kiến thức đắt giá về hoàn thuế GTGT dự án đầu tư trên đây mà TACA mang lại, doanh nghiệp đã tự có cho mình một chiến lược bảo vệ và phát triển kinh doanh phù hợp trong tương lai.

Dịch vụ hoàn thuế xuất nhập khẩu – giá trị gia tăng của TACA hỗ trợ doanh nghiệp nhanh chóng nhận lại số tiền thuế tối đa, giúp cải thiện dòng tiền và giảm thiểu áp lực tài chính. Với đội ngũ chuyên gia tận tâm và nhiều kinh nghiệm, TACA sẽ tư vấn, chuẩn bị hồ sơ chi tiết, từ hợp đồng, hóa đơn đến các chứng từ thanh toán giúp doanh nghiệp tự tin làm việc với cơ quan thuế, đảm bảo mọi thủ tục được thực hiện suôn sẻ, giúp doanh nghiệp an tâm và tiết kiệm thời gian.

Các dịch vụ về thuế khác tại Taca:

• Dịch vụ tư vấn thuế – sử dụng chiến lược thuế như các tập đoàn hàng đầu
• Dịch vụ tư vấn lập kế hoạch thuế (tax planning) 
• Dịch vụ kế toán thuế hàng tháng – chiến lược quản trị tối ưu chi phí thuế
• Dịch vụ tư vấn lập tờ khai và hồ sơ giao dịch liên kết (Transfer pricing)
• Dịch vụ quyết toán thuế – Bảo vệ tối đa lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp

Xem thêm: Thuê kế toán dịch vụ doanh nghiệp cần lưu ý những gì? 

Taca business consulting!